De kerk van Klooster Ter Apel bestaat, met zijn hoge gewelven en spitse veelkleurig beschilderde ramen, uit twee delen. De Kanunnikenkerk en de Lekenkerk, gescheiden door het doksaal om het koorgebed destijds in alle rust te laten plaatsvinden.
Dit laatgotische doksaal is gemaakt uit Baumberger kalkzandsteen. Helaas zijn de beelden verdwenen. Naast een beeld van Maria met kind waren waarschijnlijk de twaalf apostelen afgebeeld.
Het sacramentshuisje in de muur van het koor en het driedubbele koorgestoelte voor de priesters zijn ook gehouwen uit Baumberger kalkzandsteen. In het koor verder de grafsteen van de laatste prior en tevens eerste predikant, Johannes Emmen.
Na zijn dood in 1614 [en niet 1613 zoals op de grafsteen staat] werd de nieuwe hervormde gemeente van Ter Apel steeds nadrukkelijker protestants en verdwenen een aantal altaren en beeldengroepen uit de kerk.
In de kanunnikenkerk bleven de 30 oude koorbanken: robuust eikenhout met opklapbare zittingen. Aan de onderkant zitten uit hout gesneden koppen, de misericordia's. Zij symboliseren geestig zowel goede als slechte eigenschappen zoals gulzigheid, gerechtigheid, vroomheid, strengheid en zachtmoedigheid.
In de Kanunnikenkerk staat een neogotisch beeld van Maria (Het onbevlekte Hart van Maria) rechts naast het altaar dat destijds, evenals de kerk zelf, door de Kruisheren aan haar werd gewijd. Een onbekende meester maakte dit beeld rond 1850 in Luik, België. De sokkel werd ontworpen door Toon Uijttewaal uit Ter Apel.